В архитектурный комплекс монастыря входят следующие храмы: храм святых Отцов Семи Вселенских Соборов (престолы верхнего храма — святых Отцов Семи Вселенских Соборов, приделы — святого благоверного князя Даниила Московского и святых князей Бориса и Глеба; престол нижнего храма — Покрова Пресвятой Богородицы и пророка Даниила; над западной папертью — преподобного Даниила Столпника); собор Троицы Живоначальной (престол во имя Святой Троицы, приделы — Зачатия прав. Анны, преподобного Алексия, человека Божия, в подклете — Рождества Иоанна Предтечи (1833–1838 гг., архитектор О.И. Бове)); храм преподобного Симеона Столпника надвратный, в колокольне (кон. XVII в., восстановлена в 1984–1988 гг.); храм прпеподобного Серафима Саровского в подклете больничного корпуса (с кон. XIX в. — часовня, с 1988 г. — храм); храм Всех святых, в земле Российской просиявших, в Синодальной резиденции Святейшего Патриарха (1988 г.); храм священномученика митрополита Киевского Владимира и новомучеников и исповедников Российских; надкладезная часовня (1988 г., архит. Ю.Г. Алонов); поминальная часовня (1988 г., архитектор Ю.Г. Алонов).

В монастыре имеются святыни: рака с частицей мощей святого благоверного князя Даниила; икона святого благоверного князя Даниила с частицей его мощей; ковчег с частицей мощей святителя Николая Чудотворца; Владимирская икона Божией Матери «с акафистом» (XVI в.); рака с мощами преподобного Георгия (Лаврова), исповедника Даниловского; икона преподобного Серафима Саровского с частицей его мощей, частью мантии и четками.